Il microbiota del lievito madre è influenzato dalla gestione dei rinfreschi, con percentuali elevate di inoculo che favoriscono la crescita dei lieviti a scapito dei lattobacilli. Un rapporto di rinfresco ottimale dovrebbe garantire un maggior numero di cellule batteriche attive per una fermentazione efficace. La conservazione prolungata in frigo può aumentare l'acidità e compromettere l'attività lievitante. Cambiamenti nell'ambiente come variazioni nella farina o nell'idratazione possono causare instabilità nel microbiota, selezionando microrganismi più adattabili ma riducendo la diversità batterica originaria.